Vaikka geneettisesti samankaltaisilla, luonnonvaraisilla ja kotimaisilla koirilla on useita eroja.
Kotieläiminä pidetyillä koirilla on monia piirteitä luonnonvaraisten sukulaistensa kanssa,mutta myös eroja on olemassa. Tiede ei ole täysin erottunut erilaisista eroista johtuen suurelta osin siitä, että kotieläinten DNA (Canis familiaris)on lähes sama kuin harmaiden susien (Canis lupus).
Ruokavalion kehitys
Ruokinta on samankaltainen ja erilainen kotieläimissä ja harmaissa susissa. Sudet metsästävät pakkauksissasuurten saaliin ottaminen perheenjäsenten ruokkimiseksi. Pakkauksen välissä on hierarkia, jossa alfat syötetään ensin, joita seuraa muut aikuiset ja sitten nuoret.Kotimaan koiran ruokavalio perustuu edelleen voimakkaasti eläinproteiineihin, mutta kotiutumisprosessi on muuttanut ruokavalioaan jäljitellen ihmisille tarkemmin. Yksi teoriaehdottaa, että tämä johtuu siitä, että kun koirista tuli kotieläimiä, he selviytyivät suurelta osin ihmisen metsästyksen jäännöksistä. Ajan myötä ensimmäiset kotieläiminä pidetyt koiratselviytyi voimakkaasti ihmisen aterioiden "pöydän romuista", mikä tarkoittaa, että he saivat ruokavaliossa enemmän hedelmiä, vihanneksia ja jyviä kuin niiden villieläimet.
Feral koirat
Luonnonvaraiset koirat ovat niitä, jotka ovat luonnostaan villiä. He ovat enemmän kuin sukupolvi pois kotieläimistä. Luonnonvaraiset koirat ovat pääosin metsästäjiä metsästäjien sijaan.vaikka pakkausmetsästys on etusijalla joissakin luonnonvaraisissa ryhmissä. Ne ovat opportunistisempia syöttölaitteita kuin metsästäjät. Tämä käyttäytyminen jäljittelee lähemmin heidän läheistä sukua, kojoottiä.Jotkut luonnonvaraiset pakkaukset ruokkivat suurelta osin ihmisen roskaa, kun taas toiset laskevat karjaa, kuten kanoja. Feral koirat muodostavat pakkauksia, kuten monet luonnonvaraiset koirat. Yhdysvalloissa useimmat luonnonvaraisetkoirat näyttävät samanlaisilta kuin husky ja saksanpaimenkoirat, vaikkakin laaja valikoima rotuja ja sukuelimiä johtavat erilaisiin esiintymisiin luonnonvaraisissa koirissa.
Luottamus ihmisiin
Kotieläimet ovat kasvaneet epäilemättä ihmisen kollegojen vihjeistä, hoidosta ja käyttäytymisestä. Monet lemmikkikoirat, erityisesti tietyt rodut, eivät selviytyneetilman ihmisen hoitoa. Selektiivisen jalostuksen aiheuttamat geneettiset mutaatiot, kuten lyhyet kuoret ja karvoittamattomat pinnoitteet, vähentävät valitettavasti koiran kykyä tarjota itsensä.Nämä mutaatiot yhdistyvät yleisiin hoitohenkilöihin luovat riippuvaisempia kuin itsenäisiä olentoja. Jotkin kotimaiset koirat ovat tarpeeksi kekseliäitäselviytyä ja joskus kukoistaa, kun heidän ihmisensä jättävät sen. Jopa jotkut luonnonvaraiset koirat ovat suurelta osin luottaneet ihmisten läsnäoloon selviytyäkseen syömällä roskia ja ottamallasuojaa ihmisen aiheuttamissa rakennuksissa.
Wolf vs. Dog
1900-luvun lopulla ja 2000-luvun alussa tehtiin useita tutkimuksia susi- ja koirakäyttäytymisen eroista.Eräs tällainen tutkimus käsitteli ihmisen kohotettujen susi- ja ihmisperäisten koirien eroa. Vaikka molemmat nostettiin samalla tavalla, kun susit kypsyivät,he eivät osoittaneet luottavaisuutta ihmisiin eivätkä he olleet kiinnostuneita nauttimaan omistajistaan. Koirat puolestaan luottivat ihmisiin ja ottivat suurta kiinnostusta omistajiensa miellyttämiseen.Kotieläimenä koira perustuu suuresti ihmisen liikkeisiin, kuten osoittamiseen, päivittäiseen esiintymiseen. Kotieläin koira voi myös lukea ihmisen tunteita tutkimalla ihmisen kasvoja.Tutkimukset osoittavat näiden kahden lajin selviä eroja niiden läheisestä suhteesta ja lähes identtisistä DNA-sekvensseistä huolimatta.
